Six structures fédératives sont adossées aux unités de recherche afin d’assurer l’animation scientifique intra et inter domaines, de porter les plateformes scientifiques et de coordonner les projets des unités.
Domaine Sciences Humaines et Sociales :
- Maison des Sciences de l’Homme, organisée autour de 6 pôles thématiques : patrimoine, espaces/mutations, archives, identité/citoyenneté, textes et contextes, apprentissage
Domaine Sciences de la Matière et Technologies :
- Fédération de Recherche Sciences de la Matière et Technologies (SMT) : optique, nanosciences, métallurgie, mathématiques, applications des sciences et technologies (santé, énergie, environnement,…)
Domaine Sciences de l’Aliment et Agro-environnement :
Domaine Santé / STIC (Sciences et Technologies de l’Information et de la Communication) :
- IFR Santé/Sciences et Technologies de l’Information (fédération des laboratoires de sciences de la vie et de la santé universitaires et hospitaliers de Bourgogne) : lipides et nutrition, mort cellulaire et cancer, imagerie médicale
- IFR Handicap : handicap, apprentissage, traitement de l’Information, rééducation
- AGRALE : groupement d’intérêt scientifique en agriculture, alimentation, environnement qui constitue l’un des sept pôles de compétences nationaux : la concrétisation du partenariat de l’université avec l’INRA et Agrosup Dijon. Installée sur le campus, le GIS Agrale rassemble les forces scientifiques dans trois thématiques : Biogéoscience et Agroenvironnement, Qualité des aliments et sensorialités, Territoires et Développement. Un potentiel d’environ 400 cadres scientifiques et 145 doctorants.
| Code | Libellé | Tutelle Ministérielle | EPST | Direction Scientifique |
|---|---|---|---|---|
| FR | Fédération de Recherche | Label Ministériel | Demande d’Association avec un EPST | Double ou triple tutelle |
| IFR | Institut Fédératif de Recherche | Labellisation Ministérielle | ||
| PPF | Programme Pluri-Formation | Labellisation Ministérielle | Rattaché à une Direction Scientifique | |
| GDR | Groupement de Recherche | Labellisation Ministérielle | ||
| UMS | Unité Mixte de Service | Labellisation Ministérielle | Demande d’association avec un EPST | Double Tutelle |
| E. D. | Ecole Doctorale | Accréditation Ministérielle | Directions scientifiques principales et secondaires |









